中学2年生の花咲つぼみは希望ヶ花市に引っ越してくる車中で、こころの大樹が砂漠の使徒に襲われ、キュアムーンライトが敗れゆく夢を見ていた。つぼみは転校を機に内気な自分を変えようと決意したが、強引でマイペースなクラスメイト・来海えりかに振り回されてしまう。

新たな環境に戸惑う中、つぼみの前に、夢の中で見たこころの大樹の妖精・シプレとコフレが現れる。

シプレとコフレを追ってきた砂漠の使徒の幹部・サソリーナは、居合わせたえりかのこころの花を奪ってしまう。

つぼみは妖精にプリキュアになる資格があると聴かされ、彼女を救うため、つぼみはシプレの力を借りてプリキュアに変身することを決意する。

ドツクゾーンとの戦いが終わり、普通の女子中学生として3年生に進級したなぎさとほのか。

しかし光の園では先の戦いで傷ついたクイーンが12のハーティエルに分裂して虹の園に散らばってしまうという事件が起こっていた。

一方虹の園ではジャアクキング復活を目論む闇の四天王が集結。新たな危機になぎさとほのかは再びプリキュアとして戦うことを決意する。

3人目の戦士シャイニールミナスに覚醒した謎多き少女・九条ひかりを新たな仲間に加え、闇の力と戦いながらクイーンを復活させるためにハーティエル集めをすることとなる。

四つ葉町にあるクローバータウンストリート（旧称:四つ葉町商店街）に到着したピルンは、四つ葉中学校2年生の桃園ラブを見つける。ラブは他人を思いやる優しい性格でダンスが大好きな女の子。好きなダンスユニットはトリニティで、特にリーダーのミユキには強い憧れを持っている。

ある日、森に迷い込んだラブは偶然占い館を見つけ、そこでせつな（イース）に運勢を占ってもらい顔見知りになる。ラブがトリニティのダンスイベントを観覧していたとき、突然イースが乱入し怪物ナケワメーケを使役して人々に襲い掛かる。ラブは逃げ遅れたミユキを救うべく立ちはだかるが、自身もピンチに陥ってしまう。しかし、ピルンが彼女の携帯電話に乗り移り、プリキュアに変身するアイテム・リンクルンに変わる。

ラブは「愛の戦士」キュアピーチに覚醒してナケワメーケを撃破する。

人間世界とは異なる場所に存在する、幸せな音楽の国メイジャーランド。そこで年に一度だけ行われる演奏会において、歌の妖精ハミィは世界の人々の平和を願い「伝説の楽譜」に記された「幸福のメロディ」を歌おうとしていた。

しかし 演奏会の最中、悲しい音楽の国マイナーランドの王メフィストが現れ、楽譜を「不幸のメロディ」に変えようとする。メイジャーランドの女王アフロディテは音符を別の世界である人間世界にばらまいて それを阻止したが、散らばった音符を取り戻すため メフィストは配下のセイレーンと トリオ・ザ・マイナーを、アフロディテはハミィと7体のフェアリートーンを人間世界に遣わす。

一方、人間世界の加音町に住む北条響は、かつての親友である南野奏とすれ違う日々を送っていた。そんな中、2人はハミィやマイナーランドの刺客達と遭遇し、なし崩しにプリキュアの戦士キュアメロディとキュアリズムとして目覚めることになる。

バッドエンド王国の幹部・ウルフルンは悪の皇帝ピエーロを蘇らせるため、人々の心を絶望に落とし込みバッドエナジーを集め、さらに怪物アカンベェを召喚し暴れさせる。

みゆきは人々の笑顔を守るべくプリキュアの力に覚醒し、キュアハッピーに変身しアカンベェと戦う。アカンベェを倒したことで幸せの力の源であるキュアデコルを取り戻し、キャンディはこれを集めることでメルヘンランドを救うことができるという。

七色ヶ丘中学校のみゆきのクラスメートたちのうち、バレー部員でお好み焼き屋の娘・日野あかねがキュアサニー、絵が得意でヒーロー好きの黄瀬やよいがキュアピース、サッカー部のエース・緑川なおがキュアマーチ、クラス1の才女・青木れいかがキュアビューティだと判明し、この5人によりスマイルプリキュアが結成される。

プリキュア達はウルフルン、アカオーニ、マジョリーナらバッドエンド王国の幹部達に立ち向かう。

ある日、5人の前に「運び屋」と名乗る少年シロップ（甘井シロー）が現れ、シロップはのぞみたちにフローラと名乗る女性からの手紙を渡す。

その手紙には「キュアローズガーデンで待っている」とのメッセージが託されており、そのあと手紙はローズパクトへと姿を変える。

そんな矢先、エターナルの手先が現れ怪物ホシイナーを使役してそれを奪いにかかる。だが、のぞみたちは駆けつけたココたちによって新たな変身アイテム・キュアモで変身を果たし、再び「Yes!プリキュア5」として戦い敵と戦うこととなる。

サンクルミエール学園に通う夢原のぞみは、少しドジだが元気いっぱいな中学2年生の女の子。

ある日、通学途中でイケメンの男性と出会い、偶然にも彼を学園で見つけ図書館へ向かう彼を追う。そこで光る本を見つけ彼と取り合いになり、彼がその拍子で倒れてしまう。それと同時に彼が小動物のような妖精に変わり、パルミエ王国の王子ココと名乗る。

ココはのぞみに光る本の正体ドリームコレットの説明をし、更に王国を滅ぼした悪の集団ナイトメアを倒して王国を復興すべくドリームコレットとプリキュアを探していたことも説明する。

そんな矢先、ナイトメアの手先が現れ怪物コワイナー使役して2人に襲いかかる。しかし、突然どこからか光る蝶が舞い降り、それが変身アイテム・ピンキーキャッチュとなり、のぞみの腕に装着される。そしてのぞみは「希望のプリキュア」キュアドリームに変身しコワイナーを撃破する。

その後、ココは小々田コージとして学園の教師に赴任し、残りのプリキュアを探すことになる。

大貝町にある大貝第一中学校の生徒会長を務める相田マナが社会科見学で東京クローバータワーへ赴いていた。

マナは好奇心旺盛で他人の干渉に出しゃばる性格であり、生徒会書記を務める幼なじみの菱川六花からは「愛をふりまきすぎの『しあわせの王子』」と揶揄されている。

ジョー岡田と名乗る謎の青年からキュアラビーズという真琴のリボンの飾りによく似た宝石をもらう。その後、怪物ジコチューが突然現れる。

マナはシャルルが変身したラブリーコミューンとキュアラビーズの力で「みなぎる愛」キュアハートに覚醒し、ジコチューを浄化する。

戦闘後、シャルルたちは「他人を戦いに巻き込ませないためにも、自分がプリキュアだと明かしてはならない」とマナに説明し、彼女も他言しないことを誓う。

「超イケてる大人のお姉さん」になることを目指す主人公・野乃はなはシャインヒル学園からラヴェニール学園へ転入を控えた中学2年生。

転校当日、過去の自分と決別すべく髪型をイメチェンするが前髪を切りすぎる失敗を犯す。(これがはなの前髪の理由)

学校へ向かっていたところ突然空から赤ちゃんの泣き声が聞こえ、次の瞬間自分以外の時間が止まった。だがすぐ動き出した。この夜ベランダに出て空を見ていると光輝く物体を近づき、次の瞬間はなは女の子の赤ちゃんを抱いていた。

はなは驚愕するが彼女の笑顔を見てメロメロになり「はぐたん」と名付ける。後日、クライアス社と呼ばれる謎の組織の幹部・チャラリートがはぐたんの持っているミライクリスタルを狙って現れる。

はなは「はぐたんを守る！」と決心すると、ミライクリスタル・ピンクの誕生と変身アイテム・プリハートを引き寄せ「元気のプリキュア」キュアエールに覚醒しプリキュアとして戦うことになる。

「伝説のパティシエ・プリキュア」、スイーツで世界を笑顔に包みこんだ古の存在。今、スイーツに宿る「キラキラル」をめぐり新たなプリキュアの力が試される。

これは現代に蘇った悪しき者からみんなの笑顔とキラキラルを守るため、プリキュアとして立ち向かう性格も価値観もスイーツの好みも違う少女たちの物語。

苺坂町にあるいちご坂中学校へ通う主人公・宇佐美いちかはスイーツ大好き中学2年生。いちかは海外から帰国する母・さとみのためにショートケーキをつくろうと奮闘する。

そこにペコリンという不思議な妖精が空から出現、いちかにアドバイスを与える。さらにスイーツに宿るキラキラルというエネルギーを狙う悪い妖精・ガミーもいちご坂商店街に出現し、次々とキラキラルを奪ってスイーツを黒い灰にしてしまう。

いちかはペコリンと順調にケーキをつくっていたが、さとみから「帰れない」と電話が入り酷く落胆し手を止めてしまう。間髪いれずにケーキのキラキラルを嗅ぎ付けたガミーが現れそれを強奪しようとするが、いちかは悲しみを一蹴し毅然と立ち向かう。